Tướng Quắc bị khởi tố vì hành vi “Lợi dụng chức vụ quyền hạn khi thi hành công vụ” (theo Điều 281, BLHS), cùng tội danh với 2 nhà báo Nguyễn Văn Hải, Nguyễn Việt Chiến và Thượng tá Đinh Văn Huynh, Trưởng phòng 9, C14, từng là thuộc cấp của ông khi điều tra vụ PMU18.

Tin ban đầu cho hay, Tướng Quắc bị khởi tố vì đã cung cấp thông tin cho báo chí trong khi điều tra vụ án PMU18, lúc ông giữ chức Trưởng ban chuyên án. Mà sau đó, ông đã phải về hưu theo thủ tục, trong khi vụ án đang được điều tra nửa chừng.

Cơ quan An ninh điều tra cho hay, từ thông tin "Bùi Tiến Dũng khai đưa hối lộ cho gần 40 quan chức", và một số thông tin mà các báo đã đưa còn đang trong quá trình điều tra, hoặc không có thật, nên ngày 22/3/2007, cơ quan này đã tiến hành khởi tố vụ án hình sự LM07.

Đến ngày 9/5/2008, cơ quan an ninh điều tra đã ra quyết định khởi tố bị can đối với Thiếu tướng Phạm Xuân Quắc (nguyên Cục trưởng Cục C14, Thượng tá Đinh Văn Huynh (Trưởng phòng 9, C14) và hai nhà báo Nguyễn Việt Chiến (Báo Thanh Niên) và Nguyễn Văn Hải (Báo Tuổi Trẻ) theo Điều 281 BLHS.

Tuy nhiên, đến ngày 12 và 13/5, việc tống đạt quyết định khởi tố bị can mới được thực hiện.

Tướng Quắc là người để lại dấu ấn khi phanh phui vụ tiêu cực tại PMU18, từ vụ bắt quả tang 22 công an đánh bạc tại hồ Bách Thảo, Hà Nội, đã phanh phui ra đường dây tiêu cực tại PMU18 như báo chí đã nêu.

Vào ngày 1/12/2006, Tướng Quắc thực hiện các quyết định bàn giao công việc, chính thức về hưu theo thủ tục, thôi giữ chức vụ Trưởng ban chuyên án PMU18, và một người khác được điều về thay quyền ông làm Cục trưởng Cục C14.

Trong thời gian làm thủ tục về hưu, Tướng Quắc bị bà Phạm Thị Hồng Thuý (vợ của Trần Văn Thuyết, một đối tượng trong chuyên án PMU18) tố cáo. Nhưng sau khi kiểm tra, cho thấy nội dung đơn tố cáo hoàn toàn sai sự thật, nhưng không có bất kỳ hình thức xử lý nào đối với bà Thuý.

Tướng Quắc sinh năm 1946, quê Thanh Hà, tỉnh Hải Dương. Từ tháng 10/1994, ông giữ chức Cục trưởng Cục C14, Bộ Công an, trong thời gian đương nhiệm, ông đã chỉ đạo điều tra các vụ án lớn như Khánh “trắng” và trước khi về hưu theo thủ tục, là vụ án PMU18 mà ông và cộng sự đang thực hiện nửa chừng.