Theo DCMA, công ty Lockheed Martin và những công ty khác liên quan tham gia dự án chậm trễ trong việc sản xuất máy bay so với kế hoạch ban đầu, còn ngân sách sản xuất có thể cạn kiệt hoàn toàn vào năm 2011 trước khi dự án kết thúc.

Công ty Lockheed Martin đã chậm trễ 7 tháng trong việc xuất xưởng mẫu máy bay thử nghiệm. Hiện nay, chỉ có tất cả 7 trong số 13 mẫu thử nghiệm F-35 được lắp ráp, trong khi đó chỉ có 4 trong số này bắt đầu thử nghiệm bay. Căn cứ theo tiến độ thực hiện, tất cả 13 mẫu máy bay phải sẵn sàng trước cuối tháng 11/2209. Ngoài ra, kinh phí Locheed Martin đầu tư cho dự án cho phép dự đoán rằng tiền thực hiện dự án sẽ cạn kiệt hoàn toàn vào năm tài chính 2011 – bắt đầu từ ngày 01/10/2010.

Ngoài ra, DCMA đã chỉ rõ sự chậm trễ đáng kể trong việc thử nghiệm F-35. Theo kế hoạch, F-35 phải thực hiện 441 chuyến bay trước cuối năm 2009. Trong khi đó F-35 mới chỉ hoàn tất được 128 chuyến bay. Theo lời giám đốc dự án F-35 của công ty Lockheed Martin, ông Dan Crowley, sự chậm trễ trong các chuyến bay thử nghiệm phần lớn liên quan đến sự chậm trễ trong việc cung cấp những phụ tùng cần thiết.

Được biết, trước đây, General Electric và Rolls-Royce – các công ty sản xuất động cơ F136 cho F-35 – đã chậm 1 năm trong việc cung cấp động cơ. Nguyên nhân là do quá trình thử nghiệm mẫu động cơ hồi tháng 10/2009 bị thất bại. Việc thử nghiệm sẽ được nối lại vào tháng 1/2010. Động cơ được lựa chọn trong quá trình thử nghiệm chỉ hoạt động 52 giờ trong số 400 giờ đề ra.

F135 do công ty Pratt & Whitney chế tạo là động cơ chính  trang bị cho F-35. Công ty này đã chi 1,9 tỷ đôla – cao hơn ngân sách được phân bổ - để chế tạo F135. Những máy bay F-35B cất cánh nhanh và hạ cánh theo phương thẳng đứng của seri đầu tiên sẽ được trang bị động cơ này.

Máy bay tiêm kích - ném bom F-35 Lightning II tương lai được cho là lựa chọn thay thế  máy bay đắt đỏ hơn F-22 Raptor do Lockheed Martin sản xuất với sự tham gia của các công ty Northrop Grumman, Allison và British Aerospace. Lockheed Martin sẽ sản xuất 3 phiên bản F-35: trên mặt đất, trên biển, và phiên bản máy bay cất cánh nhanh và hạ cánh theo phương thẳng đứng.

F-35 được cho là dự án vũ khí đắt đỏ nhất của Lầu Năm Góc. Theo một số đánh giá, việc mua 2.400 chiếc F-35 thuộc các seri cộng với việc nghiên cứu chế tạo sẽ “ngốn” hết khoảng hơn 300 tỷ đôla ngân sách quốc phòng Mỹ. Dự kiến, sản xuất seri F-35 bắt đầu sớm nhất vào năm 2016.