Sự kiện Kosovo năm 1999: NATO ném bom vào Serbia nhằm chấm dứt cuộc chiến tại khu vực li khai của Serbia – Kosovo. Nga phản đối nhưng không thể can thiệp.
Sự kiện Chechnya năm 1999: Nga xâm chiếm nước cộng hòa li khai Chechnya. Việc lãnh đạo phương Tây cáo buộc Nga lạm dụng nhân quyền đã khiến ông Vladimir Putin (khi đó được Yeltsin chỉ định làm tổng thống Nga), giận dữ.
Sự mở rộng NATO và EU năm 2002-04: NATO và EU mời một vài thành viên mới thuộc khối Xô Viết cũ tham gia. Nga lại phản đối nhưng việc mở rộng này đã diễn ra vào mùa xuân năm 2004.
Bất đồng về thương mại năm 2005-07: Sau khi mở rộng EU vào năm 2004, Nga và các thành viên mới của EU – Ba Lan và Litva - bất đồng về lệnh cấm nhập khẩu thịt Ba Lan và đóng cửa đường ống dẫn dầu với Litva làm cho Litva phải nhập khẩu dầu bằng đường biển. Cả hai quốc gia này đều bác bỏ cuộc hội đàm về thỏa thuận chiến lược Nga-EU.
Hệ thống phòng thủ tên lửa Mỹ tại châu Âu năm 2007: Mỹ thông báo kế hoạch triển khai các bộ phận thuộc hệ thống phòng thủ tên lửa tại NATO và các nước thành viên EU – Ba Lan và Cộng hòa Czech. Nga dọa sẽ chĩa tên lửa hạt nhân vào hai quốc gia này.
Bất đồng về việc di dời đài tưởng niệm Hồng quân Liên Xô: Chính phủ Estonia đã cho di dời tượng đài tưởng niệm Hồng quân Liên Xô ra khỏi trung tâm thủ đô Tallinn. Hành động này của Estonia đã làm dấy lên một làn sóng phản đối dữ dội trong cộng đồng người Nga sinh sống tại đất nước Baltic nhỏ bé này. Sự kiện trên chỉ là điểm thêm một dấu đen vào quan hệ giữa hai nước láng giềng, vốn đã nhiều khúc mắc.
Vấn đề Kosovo năm 2008: Kosovo tuyên bố độc lập vào tháng 2/2008. Mỹ và hầu hết các nước châu Âu thừa nhận điều đó, nhưng nhấn mạnh rằng đó là trường hợp duy nhất. Nga lên án gay gắt việc làm này và cảnh báo rằng đây sẽ được coi như một tiền lệ tại các khu vực xung đột khác, chẳng hạn như Gruzia, và sẽ châm ngòi cho một cuộc xung đột mới ở Balkans.
Mở rộng NATO năm 2008: Tại một hội nghị thượng đỉnh diễn ra hồi tháng 4, các nhà lãnh đạo thuộc khối NATO nhất trí rằng, Gruzia và Ukraine nên gia nhập khối đồng minh này. Nga cảnh báo rằng, điều đó sẽ gây mất ổn định an ninh tại Capcazơ.
Xung đột Nga-Gruzia: Đêm 07/8, Gruzia khai mào cuộc chiến khi bất ngờ tấn công tổng lực nhằm tái chiếm Nam Ossetia. Sau đó, Nga giành lại quyền kiểm soát thủ phủ Tskhinvali, oanh kích thành phố Gori của Gruzia. Tbilisi ban bố tình trạng chiến tranh trên cả nước. Ngày 10/8, Gruzia rút toàn bộ quân khỏi Nam Ossetia và kêu gọi ngừng bắn. Nga triển khai tàu chiến áp sát Gruzia. Cuộc chiến chấm dứt sau 5 ngày giao tranh dữ dội, và đến ngày 13/8, Nga và Gruzia đồng ý với kế hoạch ngừng bắn do Pháp đề xuất.
Quyết định công nhận độc lập đối với hai nước cộng hòa của Gruzia: Ngay sau khi Nga đưa ra quyết định công nhận độc lập đối với hai nước cộng hòa li khai của Gruzia, đồng loạt các nước phương Tây đã có phản ứng gay gắt. Bộ Ngoại giao Anh, Ngoại trưởng Mỹ, Thủ tướng Đức, Tổng thống Pháp... đều đã lớn tiếng chỉ trích quyết định của Nga, rằng điều đó không thể đem lại hoà bình ổn định cho khu vực Capcazơ, là một việc làm “đáng hối tiếc”, “hoàn toàn không thể chấp nhận được”, hay đó là hành động bất hợp pháp...
Các nước thành viên NATO đã lên án Liên bang Nga sau khi TT Medvedev ký sắc lệnh công nhận độc lập của hai khu vực ly khai, đồng thời cũng kêu gọi Moscow nên rút lại quyết định của mình. Tuy nhiên, Đại sứ Nga tại NATO Dmitry Rogozin đã bác bỏ quan điểm này, thậm chí còn kêu gọi NATO cũng nên…xem lại quyết định công nhận độc lập cho Kosovo.
Moscow khẳng định rằng, việc họ công nhận độc lập đối với hai nước cộng hòa li khai là nhằm bảo vệ người dân Nga sau khi lực lượng Nga tiến sâu vào lãnh thổ Gruzia trước đó vào tháng này để đẩy lui cuộc tấn công của Gruzia nhằm vào Nam Ossetia...