Theo lời ông Donley, bất chấp những thay đổi, trong khuôn khổ dự án, Không quân Mỹ không có ý định hủy bỏ kế hoạch mua 1763 máy bay chiến đấu F-35. Dự án chế tạo máy bay F-35 được cho là một trong những dự án đắt đỏ nhất trên thế giới. Theo một số nguồn tin, chi phí của Lầu Năm Góc dành cho dự án này bao gồm cả mua máy bay là hơn 300 tỷ đôla.
Công ty quốc phòng Lockheed Martin cùng với Northrop Grumman, Allison và BAE Systems đang nghiên cứu chế tạo máy bay chiến đấu tương lai F-35. Các công ty này cho ra đời 3 phiên bản của F-35: phiên bản trên mặt đất, trên tàu và phiên bản cất cánh nhanh và hạ cánh theo phương thẳng đứng. Tuy là dự án đắt đỏ nhưng người ta cho rằng F-35 dù sao cũng rẻ hơn nhiều so với F-22 Raptor – máy bay đắt nhất trên thế giới hiện nay.
Giữa tháng 11/2009, Cơ quan quản lý các hợp đồng quốc phòng (DCMA) của Mỹ đã công bố báo cáo về quá trình nghiên cứu chế tạo máy bay chiến đấu F-35 mới. Theo đó, công ty Lockheed Martin và các công ty khác liên quan đến dự án này bị chậm trễ vài tháng so với kế hoạch thực hiện ban đầu. Báo cáo chỉ rõ rằng ngân sách dành cho dự án F-35 có thể cạn kiệt vào năm 2011 trước khi dự án hoàn thành.
Lockheed Martin đã chậm 6 tháng trong việc xuất xưởng mẫu máy bay thử nghiệm. Hiện nay, chỉ có 8 trong số 13 máy bay thử nghiệm được lắp ráp, ngoài ra, chỉ có 4 trong số đó bắt đầu các cuộc thử nghiệm bay. Theo lịch trình, cả 13 máy bay phải sẵn sàng cất cánh trước cuối tháng 10/2009, còn việc sản xuất máy bay cần phải hoàn tất trước năm 2014. Hiện nay, các máy bay thử nghiệm mới hoàn thành 130 giờ bay trong số 5.000 giờ bay phải thực hiện trước năm 2014.
Trước đây, công ty Lockheed Martin đã tuyên bố rằng sự chậm trễ về thời hạn là không đáng kể và công ty có ý định tự chi trả toàn bộ chi phí bổ sung trong khuôn khổ dự án F-35.
Ngoài ra, Anh và Mỹ lại nảy sinh bất đồng đối với việc hé lộ thông tin dữ liệu về chương trình F-35. Bộ Quốc phòng Anh yêu cầu Mỹ chuyển đầy đủ mã chương trình để máy bay F-35 của Anh không phụ thuộc vào sự bảo dưỡng kỹ thuật của Mỹ. Về phần mình, Lầu Năm Góc không có ý định hé lộ mã chương trình F-35 để tránh rò rỉ thông tin về những công nghệ bí mật.
Trong khi đó, Lockheed Martin đã đạt được thỏa thuận với Israel về việc chế tạo F-35 sử dụng hàng loạt công nghệ của Israel.
Căn cứ vào những đặc điểm đã tuyên bố, F-35 có thể bay với vận tốc 2.100km/h và tầm hoạt động 2.200km. Máy bay có 6 điểm treo vũ khí bên ngoài cũng như 2 khoang chứa vũ khí bên trong. F-35 sẽ được trang bị pháo cỡ nòng 25mm, tên lửa không – đối – không và không – đối – đất và bom.