Đại sứ Mỹ Anne Patterson đã bác bỏ thông tin này là "hoàn toàn sai sự thật" trong khi người phát ngôn Bộ Ngoại giao Pakistan Abdul Basit miêu tả sự khẳng định trong bài báo này là "hoàn toàn sai lầm và hoàn toàn không có cơ sở".

Bài báo của tạp chí New Yorker cho rằng chính quyền Mỹ đang đàm phán "các thoả thuận nhạy cảm cao với quân đội Pakistan" cho phép các đơn vị quân đội được huấn luyện đặc biệt của Mỹ “hỗ trợ an ninh cho kho hạt nhân của Pakistan trong trường hợp xảy ra khủng hoảng".

Bài báo dẫn lời một cố vấn thuộc Bộ Quốc phòng Mỹ cho biết, trong mùa hè này một nhóm phản ứng khẩn cấp tối mật quân sự và dân sự Mỹ đã được đặt trong tình trạng báo động sau khi nhận được một thông tin tình báo rằng một "bộ phận hạt nhân của Pakistan đã bị thất lạc".

Nhóm này ngay lập tức được phái đi và đã đến Dubai trước khi họ được thông báo thông tin này là một cảnh báo sai. Trong một tuyên bố hiếm hoi, Đại sứ Patterson cho biết: "Mỹ không có ý định thâu tóm vũ khí hay nguyên liệu hạt nhân của Pakistan. Pakistan là một đồng minh quan trọng trong nỗ lực chung chống lực lượng cực đoan và tăng cường an ninh trong khu vực của chúng tôi".

Bà cho biết họ đã "phối hợp với nhau trong một loạt các sáng kiến hỗ trợ an ninh, bao gồm cả những nỗ lực tập trung vào việc nâng cao khả năng chống nổi dậy nhằm tăng cường ổn định".

"Mỹ tin tưởng vào khả năng của Pakistan trong việc bảo vệ các chương trình và nhiên liệu hạt nhân của họ, theo như Ngoại trưởng Hillary Clinton cho biết trong chuyến thăm gần đây của bà tới Pakistan," Đại sứ Patterson nhấn mạnh. Người phát ngôn Bộ Ngoại giao Pakistan Basit cho biết ông Seymour Hersh, tác giả của bài viết, đã bộc lộ "thành kiến chống Pakistan nổi tiếng của ông bằng cách đưa ra nhiều tuyên bố sai lầm và rất thiếu trách nhiệm bằng việc trích dẫn các nguồn tin giấu tên và không thể xác minh được".